Moussaka tiene tres capas que se cocinan por separado antes de ser combinada para la cocción final: una capa inferior de berenjena en rodajas (a veces patato se puede añadir) salteados en aceite de oliva; una capa intermedia de carne molida de cordero ligeramente cocinado con tomates picados o en puré, la cebolla, el ajo y especias (canela, pimienta de Jamaica y pimienta negro); y una capa superior de salsa de bechamel o flan salado.
