Мусака имеет три слоя, которые отдельно приготовленные перед объединением для окончательной выпечки: нижний слой нарезанного баклажана (иногда Patato может быть добавлен) обжаренной в оливковом масле; средний слой молотого ягненка слегка приготовленный с нарезанными или протертыми помидорами, луком, чесноком, и специями (корица, душистый перец и черный перец); и верхний слой из соуса Бешамели или соленого заварного крема.
